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As janelas modais sempre foram fonte de confusão para o usuário de computadores, principalmente quando ocorre a “guerra do foco” em uma aplicação, quando o foco fica entrando e saindo da janela que aparece saltitando na frente da aplicação. Se a idéia é fazer com que o usuário responda à alguma coisa apresentada pela janela modal obrigatoriamente, por que não mudar o conteúdo da janela da aplicação ao invés de criar uma janela solta flutuando pela tela?
Talvez fosse melhor para o usuário utilizar somente uma única janela, ao invés de um amontoado de janelinhas que saltam aos olhos, principalmente se essa janelinha saltar enquanto o usuário não estiver prestando atenção. De certa forma as aplicações web andaram por esse caminho, visto que a única forma de chamar a atenção do usuário é através de uma janela de alerta, simples, feia e ruim.
As janelas modais têm uma vantagem: se o usuário está prestando atenção à aplicação quando é aberta, o movimento de abertura da janela modal chama sua atenção. Mas o mesmo efeito pode ser obtido dando movimento à janela da aplicação quando algo for mandatório, evitando-se que se abra uma janela extra, estranha à aplicação.
Essa é uma discussão infindável, visto que há bons argumentos para defender as janelas modais bem como para destratá-las. Sou de opinião de que fazem parte de um conceito antigo que não cabem mais às aplicações modernas. Além disso, complicam desnecessariamente a interface com o usuário. Acredito na regra do quanto mais simples, melhor.

